Berikut ini perbedaan-perbedaan antara monokultur dan polikultur, antara lain :

Teknik polikultur dapat meningkatkan efisiensi penggunaan lahan sebab setiap sudut lahan bisa ditanami dengan jenis tanaman yang sesuai. Sebaliknya pada teknik monokultur hal tersebut tidak mungkin dilakukan.
Karena hanya menanam satu jenis tumbuhan, hasil panen pada pola monokultur pun meliputi satu komoditas saja. Berbeda dengan pola tumpangsari yang dapat memanen berbagai jenis tumbuhan.
Berkebalikan dengan pola penanaman monokultur, pola penanaman polikultur dapat mengatur populasi tanamannya sedemikian rupa tergantung jenis tumbuhan yang dibudidayakan.
Pada monokultur, ekosistem yang terbentuk tidak stabil. Sedangkan pada polikultur, pola ini dapat menstabilkan pembentukan ekosistem.
Secara tidak langsung, monokultur dapat menyebabkan ledakan serangan hama dan penyakit. Tetapi tumpangsari justru dapat memutuskan mata rantai serangan organisme pengganggu tanaman.
Karena ada banyak spesies tanaman yang dipelihara, hama yang menyerang lahan polikultur pun bermacam-macam namun dalam jumlah yang sedikit. Sementara itu, hama yang menyerang tanaman biasanya lebih banyak.
Tingkat kesulitan dalam merawat lahan monokultur jauh lebih mudah daripada lahan polikultur karena hanya ada satu jenis tanaman yang ditanam di dalamnya.
Tanaman yang dipelihara dengan sistem monokultur dapat diintensifkan sehingga hasil panennya pun dapat meningkat. Upaya pengintensifan tersebut sulit diterapkan pada tanaman-tanaman yang dibudidayakan dengan sistem polikultur.