Fakultas Pertanian Universitas Negeri Gorontalo mulai dirintis tahun 1994 dengan berdirinya Balai Pelatihan Agrokompleks pada jaman STKIP Gorontalo (Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan). Balai Pelatihan Agrokompleks ini bertujuan untuk membantu Pemerintah Daerah Gorontalo dalam membangun pertanian, perikanan dan peternakan yang diselaraskan dengan pembangunan dunia pendidikan yang menjadi visi dan misi STKIP Gorontalo. Seiring berjalannya waktu STKIP Gorontalo berubah status menjadi IKIP Negeri Gorontalo dan pada masa ini IKIP Negeri Gorontalo diberi suatu Mandat untuk dapat membuka Program Pendidikan Diploma-3 non LPTK melalui Surat Keputusan Dirjen DIKTI Nomor 280/DIKTI/KEP/2000 tentang pendirian pendidikan program diploma 3 non keguruan termasuk didalamnya program diploma-3 pertanian.

       Pada masa IKIP Negeri Gorontalo cikal bakal Fakultas Pertanian ini mengalami perubahan sebanyak 3 kali, yaitu:1. Tahun 2001 menjadi salah satu program studi di Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA dengan konsentrasi D3 budidaya tanaman pangan, D3 peternakan, dan D3 perikanan.2. Tahun 2002 - 2003 menjadi suatu Jurusan pada Fakultas Pendidikan MIPA IKIP Negeri Gorontalo dengan 3 Program Studi, yaitu; Program studi D3 Pertanian, Program studi D3 Peternakan, Program studi D3 Perikanan, dan Program studi D3 Teknologi Pengolahan Hasil Perkebunan.3. Pada Tahun 2004 masuk Era Universitas Negeri Gorontalo (UNG) terbentuklah Fakultas Pertanian UNG melalui SK Mendikbud No. 82/MPN/KL/2004 dengan 3 Program Studi, yaitu; Program studi D3 Teknologi Pertanian, Program Studi D3 Peternakan, dan Program studi D3 Perikanan.

       Fakultas Pertanian Universitas Negeri Gorontalo telah mengalami 6 kali periode kepemimpinan, yaitu:

1. Tahun 2004

Penjabat Dekan : Ir. Alim Niode, M.S

Sekretaris Dekan : Ir. Asda Rauf, M.Si

2. Tahun 2005-2006

Dekan : Dra. Nikmah Musa, M.Si

Pembantu Dekan I : Ir. Hasim, M.Si

Pembantu Dekan II : Ir. Yuniarti Koniyo, MP

Pembantu Dekan III : Ir. Alim Niode, M.Si

3. Tahun 2006 – 2010

Dekan : Ir. Zulzain Ilahude, MP

Pembantu Dekan I : Ir, Syukri Gubali, MP

Pembantu Dekan II : Femmy Sahami, S.Ik, M.Si

Pembantu Dekan III : Ir. Fitria S. Bagu, M.Si

4. Tahun 2010 – 2014

Dekan : Prof. Dr. Ir. Mahludin Baruwadi, MP

Pembantu Dekan I : Dr. Abd. Hafidz OliI, S.Pi, M.Si

Pembantu Dekan II : Fauzan Jakaria, SP, M.Si

Pembantu Dekan III : Ir. Fahria Datau, M.Si

5. Tahun 2014 – 2019

Dekan : Dr. Mohamad Ikbal Bahua, SP, M.Si

Wakil Dekan I : Dr. Ir. Hayatiningsih Gubali, M.Si

Wakil Dekan II : Ir. Ellen J. Saleh, MP

Wakil Dekan III : Wawan K. Tolinggi, SP, M.Si

6. Tahun 2019 - 2023

Dekan : Dr. Ir. Asda Rauf, M.Si

Wakil Dekan I : Dr. Ir. Syamsul Bahri, MP

Wakil Dekan II : Dr. Supriyo Imran, SP, M.Si

Wakil Dekan III : Dr. Muhammad Mukhtar, S.Pt,M.Agr, Sc