Universitas Negeri Gorontalo memiliki beberapa program pasca sarjana yaitu:

-  Program S2 Pendidikan Bahasa Inggris (Akreditasi B).

- Program S2 Pendidikan Kependudukan dan Lingkungan Hidup (Akreditasi B).

- Program S2 Pendidikan Matematika (Akreditasi B).

- Program S2 Pendidikan Dasar (Akreditasi B).

- Program S2 Pendidikan Biologi (Akreditasi B).

- Program S2 Pendidikan Fisika (Akreditasi B).

- Program S2 Administrasi Pendidikan (Akreditasi B).

- Program S2 Agribisnis (Akreditasi B).

- Program S2 Ilmu Kelautan dan Perikanan (Akreditasi B).

- Program S2 Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan (Akreditasi B).

- Program S2 Teknologi Pendidikan (Akreditasi B).

- Program S2 Pendidikan Ekonomi (Akreditasi B).

- Program S2 Ilmu Administrasi (Akreditasi B).

- Program S2 Ilmu Hukum (Akreditasi B).

- Program S2 Pendidikan Luar Sekolah (Akreditasi B).

- Program S2 Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia (Akreditasi B).

- Program S3 Ilmu Administrasi.

- Program S3 Ilmu Pendidikan.

- Program S3 Pendidikan Bahasa.

- Program S3 Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam.