Selama lebih dari 50 tahun, universitas ini telah mengalami enam kali perubahan nama dan tujuh kali pergantian pimpinan. Mulai dari berstatus sebagai cabang FKIP IKIP Yogyakarta Cabang Manado sampai diresmikan menjadi Universitas Negeri Gorontalo, oleh Presiden Megawati pada tahun 2004.