Pada program studi Budidaya Perairan akan mempelajari ilmu tentang aktivitas Pemeliharaan, Penangkaran, dan Pengembangbiakan biota perairan laut, maupun air tawar, seperti Ikan, Udang, Tiram, Rumput Laut, dan Sebagainya. Dalam kegiatan budidaya organisme perairan tentunya aspek kualitas air dan wadah yang sangat diperhatikan.

Mirip dengan yang dipelajari pada Program Studi Budidaya Perikanan, Namun cakupan dari program studi Budidaya Perairan lebih luas, dan tidak terbatas hanya pada komoditas ikan saja. Jadi tidak hanya terbatas pada bagaimana pembibitan, pemeliharaan, kesehatan dan teknologi pangan ikan saja, tapi juga tumbuhan air, Serta menyangkut kelestarian lingkungan.