FPIK UNG mulanya merupakan salah satu jurusan di Fakultas Pertanian. Kemudian tahun 2014 berdiri sebagai fakultas yang mandiri dalam menyelenggarakan pendidikan bidang perikanan dan ilmu kelautan. Saat ini, FPIK UNG manawarkan 3 prodi jenjang sarjana dan masing-masing didukung dengan fasilitas laboratorium.