FPIK UNG mulanya merupakan salah satu jurusan di Fakultas Pertanian. Kemudian tahun 2014 berdiri sebagai fakultas yang mandiri dalam menyelenggarakan pendidikan bidang perikanan dan ilmu kelautan. Saat ini, FPIK UNG manawarkan 3 prodi jenjang sarjana dan masing-masing didukung dengan fasilitas laboratorium.

Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan merupakan fakultas baru dan tergolong relatif masih muda.

Sebelum berdiri sendiri fakultas ini masih merupakan salah satu jurusan di Fakultas Ilmu-ilmu Pertanian Universitas Negeri Gorontalo, yaitu Jurusan Teknologi Perikanan yang terdiri dari 3 (tiga) Program Studi dan 1 (satu) Laboratorium. Ketiga program studi tersebut yaitu program Studi S1 Teknologi Hasil Perikanan (THP), S1 Budidaya Perairan (BDP), dan S1 Manajemen Sumberdaya Perikanan (MSP).