Manajemen Sumberdaya Perairan membahas mengenai proses atau kegiatan perencanaan, pengorganisasian, pemanfaatan, dan pengelolaan sumberdaya perairan meliputi pemetaan sumberdaya, eksploitasi, pembudidayaan, produksi, hingga pemasaran sumberdaya perairan. Pada program studi ini kita akan mempelajari ragam dan fisiologi hewan air, cara penangkapan, hingga penyakitnya. Dari segi ekonomi kita akan mempelajari tataniaga dan manajemen strategi pemasaran sumberdaya perairan.Manajemen Sumberdaya Perairan di Universitas Negeri Gorontalo Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan berhasil catatan akreditasi A untuk Program Studi yang mereka miliki. Berdasarkan upaya banding akreditasi yang beberapa waktu lalu gencar dilakukan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, untuk Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP) membuahkan hasil yang membanggakan