Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan merupakan fakultas baru dan tergolong relatif masih muda karena baru berdiri pada bulan September 2014.Sebelum berdiri sendiri fakultas ini masih merupakan salah satu jurusan di Fakultas Ilmu-ilmu Pertanian Universitas Negeri Gorontalo, yaitu Jurusan Teknologi Perikanan yang terdiri dari 3 program Studi dan 1 Laboratorium. Ketiga program studi tersebut yaitu program Studi S1 Teknologi Hasil Perikanan (THP), S1 Budidaya Perairan (BDP), dan S1 Manajemen Sumberdaya Perikanan (MSP).

Selanjutnya dalam rangka penataan pengorganisasian di lingkungan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Rektor tanggal 03 November 2014 tentang Alih Status Program Studi menjadi Jurusan di lingkungan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, maka 3 (tiga) Program Studi tersebut ditetapkan menjadi Jurusan/Program Studi, sehingga namanya menjadi Jurusan/Program Studi Teknologi Hasil Perikanan (THP), Jurusan/Program Studi Budidaya Perairan (BDP), dan Jurusan/Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP).