1. Program S2 Pendidikan Bahasa Inggris (Akreditasi B)
2. Program S2 Pendidikan Kependudukan dan Lingkungan Hidup (Akreditasi B)
3. Program S2 Pendidikan Matematika (Akreditasi B)
4. Program S2 Pendidikan Dasar (Akreditasi B)
5. Program S2 Pendidikan Biologi (Akreditasi B)
6. Program S2 Pendidikan Fisika (Akreditasi B)
7. Program S2 Administrasi Pendidikan (Akreditasi B)
8. Program S2 Agribisnis
9. Program S2 Ilmu Kelautan dan Perikanan
10. Program S2 Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan
11. Program S2 Teknologi Pendidikan
12. Program S2 Pendidikan Ekonomi
13. Program S2 Ilmu Administrasi

Program S2 Ilmu Hukum

1. Program S2 Pendidikan Luar Sekolah
2. Program S2 Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia
3. Program S3 Ilmu Administrasi
4. Program S3 Ilmu Pendidikan
5. Program S3 Pendidikan Bahasa
6. Program S3 Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam