Tak hanya memiliki program pendidikan S1, Universitas Negeri Gorontalo Juga memiliki program pendidikan pascasarjana. Berikut ini program pendidikan pascasarjana yang dimiliki Universitas Negeri Gorontalo, yakni:

1. Program Studi Magister Pendidikan Biologi
2. Program Studi Magister Pendidikan Bahasa Inggris
3. Program Studi Magister Pendidikan Kependudukan Lingkungan Hidup (KLH)
4. Program Studi Magister Pendidikan Matematika
5. Program Studi Magister Pendidikan Fisika
6. Program Studi Magister Administrasi Pendidikan (Konsentrasi Manajemen Pendidikan)
7. Program Studi Magister Pendidikan Dasar
8. Program Studi Magister Pend. Bahasa dan Sastra Indonesia
9. Program Studi Magister (S2) Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan (PPKn)
10. Program Studi Magister (S2) Pendidikan Ekonomi
11. Program Studi Magister (S2) Pendidikan Luar Sekolah
12. Program Studi Magister (S2) Teknologi Pendidikan
13. Program Studi Magister (S2) Ilmu Administrasi
14. Program Studi Magister (S2) Ilmu Hukum
15. Program Studi Magister (S2) Agribisnis
16. Program Studi Magister (S2) Perikanan dan Kelautan
17. Program Studi Doktor (S3) Ilmu Administrasi
18. Program Studi Doktor (S3) Ilmu Pendidikan
19. Program Studi Doktor (S3) Pendidikan Bahasa
20. Program Studi Doktor (S3) Pendidikan IPA