BAB I
KLASIFIKASI MAKHLUK HIDUP
1.1. Klasifikasi Makhluk Hidup
Taksonomi berasal dari dua kata dalam bahasa yunani yaitu tassien yang berarti mengklasifikasikan dan nomos yang berarti aturan. Jadi, taksonomi berarti hierarkhi klasifikasi atas prinsip dasar atau aturan (Kastawi, 2005).
klasifikasi merupakan salah satu kategori klasifikasi pertama ialah menempatkan semua bentuk hewan yang hidup dalam satu kategori. jadi ikan paus dan burung penguin diklasifikasikan sebagai mahluk yang berenang (Kimbal, 1999).
organ analog adalah organ yang mempunyai fungsi yang sama. sirip ikan paus serta sayap penguin adalah organ analog karena semuanya digunakan untuk berenang (Kimbal, 1999).
Taksonomi yaitu sistematika yang mencakup klasifikasi dan nomenclature. Klasifikasi adalah Penyusun jenis jenis hewan menjadi kelompok besar dan kecil dalam suatu aturan,sedangkan nomenclature meliputi cara pemberian nama jenis hewan atau kelompok hewan yang akan disusun dalam klasifikasi (Kimbal, 1999).
1.2. Sistem Klasifikasi Makhluk Hidup
Sistem Klasifikasi makhluk hidup telah dikenal sejak zaman dahulu (Ancient Time, BC). Ahli filosof Yunani, Aristotle (384-322 BC) mengelompokan makhluk hidup kedalam dua kelompok besar yaitu kelompok hewan dan kelompok tumbuhan, namun keberadaan organisme mikroskopis belum dikenal pada saat itu. Sistem klasifikasi makhluk hidup terus mengalami kemajuan seiring berkembangnya ilmu pengetahuan dan teknologi. Sistem klasifikasi makhluk hidup dikelompokan dalam satu-satuan kelompok besar yang disebut kingdom.

1.3. Perkembangan Klasifikasi
1. Sistem Klasifikasi Pra-Linnaeus
Sistem klasifikasi ini dilakukan dengan melihat kesamaan bentuk luar dari tubuh makhluk hidup (morfologi). Makhluk hidup pada masa ini dibedakan menjadi dua kelompok seperti konsep Aristoteles yang mengklasifikasikan makhluk hidup menjadi 2 yaitu tumbuhan dan hewan. Hewan-hewan yang memiliki bentuk tubuh yang sama dikelompokkan menjadi satu kelompok tersendiri. Selain itu hewan juga dikelompokkan berdasarkan kegunaannya masing-masing. Pengelompokan hewan didasarkan pada ciri-ciri lalu ditentukan macamnya dan diberikan nama sesuai dengan isyarat yang dimiliki. Proses-proses ini dilakukan tanpa kesadaran dan berlangsung dalam waktu yang sangat cepat. Pada masa pra-Linnaeus juga belum ada publikasi tentang klasifikasi hewan.
2. Sistem Klasifikasi 2 Kingdom (1735)
Sistem klasifikasi makhluk hidup menurut Carolus Linnaeus ini menyebutkan bahwa pada saat itu pengelompokan organisme dibagi menjadi dua regnum (kerajaan) yakni Regnum Vegetabile (tumbuhan) dan Regnum Animalia (hewan). Sistem klasifikasi ini sebenarnya sudah kuno, yakni sebelum era Linnaeus. Namun, Linnaeus merumuskan sistem dasar nomenklatur dalam penamaan organisme sehingga beliau dijuluki sebagai Bapak Taksonomi. Dasar dari klasifikasi ini adalah morfologi luar.

3. Sistem Klasifikasi 3 Kingdom (1866)
Setelah ditemukannya mikroskop oleh Antonie van Leeuwenhoek, dunia mikroskopis mulai terbuka. Awalnya organisme mikroskopik keberadaannya masih belum diketahui apakah masuk hewan atau tumbuhan. Setelah ditemukan Euglena, pada akhirnya sistem klasifiksi 3 kingdom diajukan oleh Ernst Haeckel dengan menambah Kingdom Protista dengan dasar klasifikasinya yakni apakah organisme tersebut memiliki sel tunggal (protista) atau memiliki sel banyak (hewan dan tumbuhan).

4. Sistem Klasifikasi 2 Empire (1925)
Dalam sistem ini, Édouard Chatton membagi kedalam dua empire (superkingdom) yang lebih tinggi berdasarkan sistem organisasi sel. Chatton menggunakan istilah prokariota untuk organisme yang tidak memiliki inti sel dan eukariota untuk organisme yang memiliki inti sel. Hasil dari gagasan tersebut muncullah Empire Prokariota dan Empire Eukarya Sistem klasifikasinya bersifat dikotomis yang berdasarkan struktur internal organisasi sel.

5. Sistem Klasifikasi 4 Kingdom (1938)
Semenjak penemuan mikroskop elektron, pengamatan terhadap sel semakin jelas. Ilmuwan bisa membedakan organisme sel tunggal yang tidak mempunyai inti sel (prokariotik) dan organisme sel tunggal yang mempunyai inti sel (eukariotik). Tahun 1938, Herbert F. Copeland mengajukan sistem klasikasi empat kingdom dengan memindah dua prokariota, yakni bakteri dan alga hijau-biru ke dalam Kingdom Monera.

6. Sistem Klasifikasi 5 Kingdom (1969)
Sistem klasifikasi makhluk hidup menurut Robert R. Whittaker ada 5 kingdom didasarkan atas cara organisme memperoleh nutrisinya. Dari sinilah Robert Harding Whittaker memisahkan fungi menjadi kingdom tersendiri menjadi Kingdom Fungi karena kemampuannya yang bersifat heterotrof. Kelemahan sistem ini tidak sepenuhnya mencerminkan hubungan kekerabatan antar kelompok. Dasar klasifikasi yang digunakan berdasarkan tipe nutrisi dan struktur internal organisasi sel.

7. Sistem Klasifikasi 6 Kingdom (1977)
Pada pertengahan tahun 1970-an, penelitian di bidang biologi molekuler banyak dilakukan. Dari sini karakter genetik mulai diperhitungkan Carl Woese. Saat itu penelitian gen ribosomal RNA digunakan sebagai faktor penting dalam klasifikasi molekuler. Klasifikasi menurut Carl Woese kemudian membagi kingdom Monera menjadi dua kelompok, yakni Kingdom Eubacteria dan Kingdom Archaebacteria. Hal tersebut dikarenakan terdapat banyak perbedaan genetik antara dua kelompok tersebut.
8. Sistem Klasifikasi 3 Domain (1990)
Setelah mengajukan 6 kingdom, Carl Woese kemudian menciptakan konsep baru, yakni sistem "tiga kingdom utama" dengan istilah domain. Pada sistem ini terbentuk 3 domain, yakni Domain Bacteria, Domain Archae, dan Domain Eukarya. Sistem tersebut merupakan sistem enam kingdom sebelumnya dari hasil pencampuran sistem lima kingdom dan sistem tiga domain dari Woese.

9. Sistem Klasifikasi 8 Kingdom (1993)
Sistem klasifikasi makhluk hidup 8 kingdom digagas oleh Thomas Cavalier-Smith. Hal yang melatar belakanginya adalah Eubacteria dan archaebacteria memiliki perbedaan yang begitu besar berdasarkan jarak genetik dari gen ribosomal, sehingga keduanya dipisahkan menjadi dua kingdom yang berbeda.
Selanjutnya muncul Kingdom Chromista yang merupakan hasil pemisahan dari kingdom plantae. Pemisahan tersebut didasarkan atas letak kloroplasnya yang berada di lumen retikulum endoplasma, padahal letak kloroplas kingdom plantae terletak di sitosol. Disamping itu, chromista juga memiliki klorofil c yang tidak dimiliki oleh plantae. Selain itu, muncul juga gagasan Kingdom Archezoa yang didasarkan bahwa ada protista yang tidak memiliki mitokondria.

10. Sistem Klasifikasi 6 Kingdom (1998)
Tahun 1998, Cavalier-Smith mempublikasikan sistem klasifikasi enam kingdom. Dasar yang digunakan adalah kingdom bacteria dan kingdom archaea yang digagas oleh Woese tidak disepakati oleh Cavalier-Smith. Akhirnya Archaebacteria dimasukkan kedalam subkingdom dari kingdom bacteria. Sementara kingdom archezoa dilakukan klasifikasi ulang dan dimasukkan ke dalam kingdom protozoa lagi.

11. Sistem Klasifikasi 7 Kingdom (2015)
Pada tahun 2015, sebuah jurnal ilmiah taksonomi dengan judul "A Higher Level Classification of All Living Organisms" dengan author Michael A. Ruggiero, dkk (salah satunya juga Cavalier-Smith) melakukan revisi sistem klasifiksi yang melibatkan sekitar 3.000 ahli taksonomi dunia dan berdasarkan konsensus Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea (TOBA) dan the Catalogue of Life menyatakan bahwa archae dan bacteria dipisah menjadi kingdom yang berbeda. Dengan demikian, sampai artikel ini ditulis, sistem klasifikasi makhluk hidup ada 7 kingdom yang terdiri atas:
1) Kingdom Bacteria
2) Kingdom Archaea
3) Kingdom Protozoa
4) Kingdom Chromista
5) Kingdom Fungi
6) Kingdom Plantae
7) Kingdom Animalia