Teknik Informatika di Universitas Negeri Gorontalo sejatinya telah ada sejak 2001 dengan hanya mengelola 1 studi, yatiu Diploma 3 Manajemen Informatika. Seiring dengan waktu,perubahan status STKIP Negeri Gorontalo menjadi IKIP Negeri Gorontalo pada tahun 2001,pada akhirnya program diploma 3 Manajemen Informatika dialihkan ke Jurusan Teknik Informatika Fakultas Pendidikan Teknik dan Kejuruan (FPTK) IKIP Negeri Gorontalo. Pada tahun 2004, FPTK beralih menjadi Fakultas Teknik Universitas Negeri Gorontalo.  

Sekarang, Teknik Informatika mengelola 2 Prodi,yaitu Pendidikan Teknik Informatika dan Sistem Informasi, yang mana keduanya sama bagusnya. Jurusan ini masuk pada Fakultas Teknik,yang artinya akan berbasis di Kampus 4,kampus yang masih terbilang baru di UNG modern ini.