Jurusan Teknik Informatika Fakultas Teknik Universitas Negeri Gorontalo dibentuk pada tahun 2001. Pada awal terbentuknya, Jurusan ini hanya mengelola satu program studi yaitu Diploma 3 Manajemen Informatika yang sudah diselenggarakan sejak tahun 2000 dan sebelumnya dikelola oleh Program Diploma Non Kependidikan Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Negeri Gorontalo.

Seiring perubahan status STKIP Negeri Gorontalo menjadi IKIP Negeri Gorontalo pada tahun 2001, pengelolaan program diploma 3 Manajemen Informatika dialihkan ke Jurusan Teknik Informatika Fakultas Pendidikan Teknik dan Kejuruan (FPTK) IKIP Negeri Gorontalo.

Pada tahun 2004, Fakultas Pendidikan Teknik dan Kejuruan (FPTK) beralih menjadi Fakultas Teknik Universitas Negeri Gorontalo. Pada saat ini, Jurusan Teknik Informatika telah mengelola 2 program Sarjana dengan jumlah mahasiswa 700 orang dan jumlah dosen 25 orang. Program Studi yang dikelola tersebut adalah :

1. Program Studi S1 Sistem Informasi (Berdiri pada tahun 2008)

2. Program Studi S1 Pendidikan Teknologi Informasi (Berdiri pada tahun 2012)