Fakultas Pertanian Universitas Negeri Gorontalo mulai di rintis pada tahun 1994 dengan berdirinya Balai Pelatihan Agrokompleks pada saat jaman Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Gorontalo. Seiring berjalannya waktu STKIP merubah status menjadi IKIP Negeri Gorontalo,Pada masa IKIP Negeri Gorontalo Fakultas Pertanian Mengalami perubahan sebanyak 3 kali.

Sejak tahun 2004 FAPERTA sudah mulai berkembang dengan di bentuknya program studi Strata satu (S1) pada thn Akademik 2007-2008 terbentuklah program studi S1 Agroteknologi, Agribisnis, Peternakan, Budidaya perikanan dna program studi Teknologi Hasil Perikanan. 

Seiring terbentuknya Fakultas Perikanan dan Ilmu klautan,maka di FAPERTA pada tahun 2014 terbentuk program studi S1 Ilmu Teknologi Pangan.Sehingga sampai dengan sekarang FAPERTA Universitas Negeri Gorontalo memiliki 4 program studi, yaitu; Program studi S1 Agroteknologi,Agribisnis,Peternakan dan program studi S1 Ilmu Teknologi Pangan. 

Tujuan di bentuknya FAPERTA untuk menghasilkan lulusan yang berkualitas yang mampu mengembangkan ilmu-ilmu pengetahuan dan teknologi serta memiliki keahlian dalam bidang ilmu pertanian untuk mengantisipasi perkembangan Ilmu pertanian pada masyarakat.