Fakultas Pertanian Universitas Negeri Gorontalo telah mengalami 6 kali periode kepemimpinan, yaitu:

1. Tahun 2004

Penjabat Dekan : Ir. Alim Niode, M.S

Sekretaris Dekan : Ir. Asda Rauf, M.Si

2. Tahun 2005-2006

Dekan : Dra. Nikmah Musa, M.Si

Pembantu Dekan I : Ir. Hasim, M.Si

Pembantu Dekan II : Ir. Yuniarti Koniyo, MP

Pembantu Dekan III : Ir. Alim Niode, M.Si

3. Tahun 2006 – 2010

Dekan : Ir. Zulzain Ilahude, MP

Pembantu Dekan I : Ir, Syukri Gubali, MP

Pembantu Dekan II : Femmy Sahami, S.Ik, M.Si

Pembantu Dekan III : Ir. Fitria S. Bagu, M.Si

4. Tahun 2010 – 2014

Dekan : Prof. Dr. Ir. Mahludin Baruwadi, MP

Pembantu Dekan I : Dr. Abd. Hafidz OliI, S.Pi, M.Si

Pembantu Dekan II : Fauzan Jakaria, SP, M.Si

Pembantu Dekan III : Ir. Fahria Datau, M.Si

5. Tahun 2014 – 2019

Dekan : Dr. Mohamad Ikbal Bahua, SP, M.Si

Wakil Dekan I : Dr. Ir. Hayatiningsih Gubali, M.Si

Wakil Dekan II : Ir. Ellen J. Saleh, MP

Wakil Dekan III : Wawan K. Tolinggi, SP, M.Si

6. Tahun 2019 - 2023

Dekan : Dr. Ir. Asda Rauf, M.Si

Wakil Dekan I : Dr. Ir. Syamsul Bahri, MP

Wakil Dekan II : Dr. Supriyo Imran, SP, M.Si

Wakil Dekan III : Dr. Muhammad Mukhtar, S.Pt,M.Agr, Sc