Fakultas Pertanian Universitas Negeri Gorontalo mulai dirintis tahun 1994 dengan berdirinya Balai Pelatihan Agrokompleks pada jaman STKIP Gorontalo (Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan). Balai Pelatihan Agrokompleks ini bertujuan untuk membantu Pemerintah Daerah Gorontalo dalam membangun pertanian, perikanan dan peternakan yang diselaraskan dengan pembangunan dunia pendidikan yang menjadi visi dan misi STKIP Gorontalo.