Fakultas Pertanian Universitas Negeri Gorontalo mulai dirintis tahun 1994 dengan berdirinya Balai Pelatihan Agrokompleks pada jaman STKIP Gorontalo (Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan). Balai Pelatihan Agrokompleks ini bertujuan untuk membantu Pemerintah Daerah Gorontalo dalam membangun pertanian, perikanan dan peternakan yang diselaraskan dengan pembangunan dunia pendidikan yang menjadi visi dan misi STKIP Gorontalo. Seiring berjalannya waktu STKIP Gorontalo berubah status menjadi IKIP Negeri Gorontalo dan pada masa ini IKIP Negeri Gorontalo diberi suatu Mandat untuk dapat membuka Program Pendidikan Diploma-3 non LPTK melalui Surat Keputusan Dirjen DIKTI Nomor 280/DIKTI/KEP/2000 tentang pendirian pendidikan program diploma 3 non keguruan termasuk didalamnya program diploma-3 pertanian.