Fakultas Pertanian Universitas Negeri Gorontalo mulai dirintis tahun 1994 dengan berdirinya Balai Pelatihan Agrokompleks pada jaman STKIP Gorontalo (Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan.

Sekarang fakultas pertanian mempunyai 4 jurusan yaitu: jurusan agribisnis, jurusan agroteknologi, jurusan ilmu teknologi pangan dan jurusan peternakan.