Universitas Negeri Gorontalo memiliki 10 fakultas, yaitu:

1. Fakultas Ilmu Pendidikan2. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam3. Fakultas Ilmu Sosial4. Fakultas Sastra dan Budaya5. Fakultas Teknik6. Fakultas Pertanian7. Fakultas Ilmu Olahraga dan Kesehatan8. Fakultas Ekonomi9. Fakultas Hukum10. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Secara rinci nama pimpinan sejak tahun 1963-sekarang sebagai berikut:

1. Drs.Idris Djalali - Dekan Koordinator IKIP Yogyakarta Cab. Manado di Gorontalo 1963-1966

2. Drs. Ek. M. J. Neno - Dekon Koordinator IKIP Manado Cab. Gorontalo 1967-1969

3. Prof. Drs. H. Thahir A. Musa - Dekan Koordinator IKIP Manado Cab. Gorontalo 1969-1981

4. Prof. Drs. H. Kadir Abdussamad - Dekan FKIP Unsrat Manado di Gorontalo 1982-1988

5. Drs. H. Husain Jusuf, M.Pd - Dekan FKIP Unsrat Manado di Gorontalo 1989-1992

6. Prof. Dr. H. Nani Tuloli - Dekan FKIP Unsrat Manado di Gorontalo 1992-1993, Ketua STKIP Negeri Gorontalo 1993-2001, Pj. Rektor IKIP Negeri Gorontalo 2001-2002

7. Prof. Dr. Ir. H. Nelson Pomalingo, M.Pd - Rektor IKIP Negeri Gorontalo 2002-2004, Rektor Universitas Negeri Gorontalo 2004-2010

8. Prof. Dr. H. Syamsu Qamar Badu, M.Pd - Rektor Universitas Negeri Gorontalo 2010-2019

9. Dr. Eduart Wolok, ST,MT - Rektor Universitas Negeri Gorontalo 2019-sekarang

Universitas Negeri Gorontalo mulai didirikan sejak tanggal 1 September 1963 dengan nama awal Junior College yang menjadi bagian dari FKIP UNSULTENG. Selanjutnya di tahun 1964 mengalami perubahan status menjadi FKIP IKIP Yogyakarta cabang Manado, yang kemudian bergabung dengan IKIP Manado Cabang Gorontalo pada tahun 1965. Tidak berhenti di situ, pada tahun 1982 lembaga tersebut menjadi Fakultas di Universitas Sam Ratulangi dengan nama Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) UNSRAT Manado di Gorontalo.

Lembaga ini kemudian akhirnya secara resmi berdiri sendiri melalui Keputusan Presiden RI No. 9 tahun 1993 dengan nama Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Gorontalo. Selanjutnya, STKIP Gorontalo mengalami peningkatan status menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Negeri Gorontalo pada tanggal 5 Februari 2001, sebelum akhirnya diresmikan menjadi Universitas Negeri Gorontalo oleh Presiden Megawati di tanggal 23 Juni 2004.