UNIVERSITAS NEGERI GORONTALO memiliki 71 program studi dengan rincian 48 prodi untuk S1, 16 prodi untuk S2, 4 prodi untuk S3, 2 prodi untuk D3, dan 1 prodi untuk jenjang profesi.

Berikut ini daftar program Magister dan Doktor di Universitas Negeri Gorontalo :

Program Magister (S2)

• Program Studi S2 Pendidikan Bahasa Inggris
• Program Studi S2 Kependudukan dan Lingkungan Hidup
• Program Studi S2 Pendidikan Bahasa Indonesia
• Program Studi S2 Administrasi Pendidikan
• Program Studi S2 Pendidikan Ekonomi
• Program Studi S2 Ilmu Hukum
• Program Studi S2 Teknologi Pendidikan
• Program Studi S2 Ilmu Kelautan dan Perikanan
• Program Studi S2 Administrasi Publik
• Program Studi S2 Pendidikan Non Formal
• Program Studi S2 Pendidikan Dasar
• Program Studi S2 Pendidikan Matematika
• Program Studi S2 Agribisnis
• Program Studi S2 Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan
• Program Studi S2 Pendidikan Biologi
• Program Studi S2 Pendidikan Fisika

Program Doktor (S3)

• Program Studi S3 Pendidikan Bahasa 
• Program Studi S3 Pendidikan Ipa
• Program Studi S3 Pendidikan Administrasi Publik
• Program Studi S3 Ilmu Pendidikan