Biaya kuliah di Universitas Negeri Gorontalo dibedakan menjadi dua berdasarkan jalur pendaftaran mahasiswa, yaitu mahasiswa jalur reguler (SN & SB) dan jalur Mandiri. 

Biaya pendidikan jalur reguler menerapkan sistem uang kuliah tunggal (UKT) dengan pengklasifikasian berdasarkan penghasilan orang tua. 

Sedangkan untuk biaya pendidikan jalur mandiri menerapkan sistem uang kuliah tunggal (UKT)  dan UANG PANGKAL. yang mencapai hingga puluhan bahkan ratusan juta untuk jalur mandiri kedokteran.

Biaya pendidikan di universitas Negeri Gorontalo terhitung murah dibandingakan dengan biaya pendidikan di beberapa universitas yang berada di gorontalo terutama di kabupaten/kota gorontalo.