Fakultas Ekonomi Universitas Gorontalo pada awal berdirinya bernama Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Dua Lima Pohalaa (DLP) Gorontalo. STIE DLP Gorontalo dibawah naungan badan hukum Yayasan Pendidikan Duluwo Limo Lopohalaa Gorontalo. Pendirian Yayasan dan STIE Gorontalo diprakarsai oleh Kol. Purn. H. Marten Liputo, SH (Bupati Gorontalo). STIE DLP Gorontalo berdiri dengan SK Kopertis Wilayah IX Nomor : 777 Tahun 1986 Tanggal 8 Oktober 1986, yang menyelenggarakan 2 Jurusan yakni Jurusan Manajemen dan Jurusan Studi Pembangunan. Jurusan Manajemen STIE Gorontalo mem peroleh status Terdaftar pada tanggal 7 Januari 1988 Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor : 021/0/1988. Jurusan Manajemen kemudian memperoleh status Diakui pada tanggal 14 Agustus 1998 berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 302/Dikti/Kep/1998. Sedangkan Jurusan Studi Pembangunan berstatus sebagai terdaftar.

Pada akhir tahun 2000 Rencana Alih Status STIE menjadi Universitas Gorontalo telah dimulai dengan membentuk tim penyusun proposal serta negosiasi ke Pusat yang di prakarsai oleh Ahmad Hoesa Pakaya, SE, MBA (Bupati Gorontalo), Drs. H. Habu Wahiji (Ketua STIE Gorontalo), Rustam Akili SE (Ketua BPH Yayasan Pendidikan Duluwo Limo Lopohalaa Gorontalo).

Pada tanggal 10 Juli 2001 STIE DLP Gorontalo resmi beralih status menjadi Universitas Gorontalo sebagaimana hal itu tertuang dalam ijin operasional Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor : 80/D/0/2001. Untuk menyelenggarakan Universitas Gorontalo yang baru dilahirkan, maka ditunjuklah Rektor pertama Universitas Gorontalo, yakni Prof. Dr. H. Jasin Tuloli, MPd. Universitas Gorontalo dikukuhkan secara resmi melalui ijin operasional Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor : 80/D/0/2001. Lembaga ini memiliki 6 fakultas yaitu Fakultas Ekonomi, Fakultas Kesehatan Masyarakat, Fakultas Ilmu Sosial Politik, Fakultas Teknik, Fakultas Hukum dan Fakultas Pertanian.

Peralihan status kelembagaan ini secara otomatis Jurusan Manajemen dan Studi Pembangunan termasuk seluruh dosen-dosennya, langsung menjadi Program Studi Manajemen dan Program Studi Ilmu Ekonomi dan Pembanguan (IESP) yang selanjutnya berubah menjadi program studi Ekonomi Pembangunan. Pada tahun 2005 Fakultas Ekonomi bertambah satu Program Studi yakni Program Studi Akuntansi, sehingga jumlahnya menjadi 3 (tiga) Program studi.

Sejak terbentuk pada tahun 2001, Dekan Fakultas untuk pertama kalinya dipegang oleh Moh. Rolli Paramata, SE, MM hingga tahun 2005. Pada periode kedua, Dr. Moh. Rolli Paramata, SE, MM terpilih kembali menjadi Dekan untuk periode 2006 – 20011. Pada periode 2012 – 2015 Dekan terpilih adalah Dr. Hj. Meimoon Ibrahim, SE, MM dan pada periode berikutnya tahun 2016 hingga sekarang, Dekan terpilih adalah Dr. Yakup, SE, M.Si.

Program Studi di Fakultas Ekonomi ketiganya telah memperoleh Akreditasi B dan sekarang ini sementara diupayakan untuk memperoleh nilai Akreditasi A.