Biaya kuliah Universitas Negeri Gorontalo dibedakan berdasarkan jalur pendaptaran mahasiswa baru: jalur reguler dan jalur mandiri. Jalur reguler terdiri dari SNMPTN dan SBMPTN sedangkan jalur mandiri merupakan jalur pendaptaran yang diadakan tersendiri oleh pihak Universitas.

Biaya pendidikan jalur SNMPTN dan SBMPTN menerapkan sistem uang kuliah tunggal (UKT) dengan  pengklasifikasian berdasarkan kemampuan penghasilan orang tua. UKT yang dibayarkan tiap semester ini sudah mencangkup semua komponen biaya selama menempuh pendidikan di Universitas Negeri Gorontalo.

Untuk menentukan kelompok UKT setiap Mahasiswa yang dinyatakan diterima harus mengisi biodata secara online pada situs yang sudah ditentukan.