Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan merupakan Fakultas baru dan tergolong relatif masih muda karena baru berdiri pada bulan September 2014, yaitu dengan adanya surat edaran keputusan rektor UNG No 869/UN47/OT/2014 tentang pembentukan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Negeri Gorontalo. Sebelum berdiri sendiri Fakultas ini masih merupakan salah satu jurusan di Fakultas Ilmu-ilmu Pertanian Universitas Negeri Gorontalo, yaitu Jurusan Teknologi Perikanan yang terdiri dari 3 (tiga) Program Srudi dan 1 (satu) laboratorium. Ketiga Program Studi tersebut yaitu Program Studi S1 Teknologi Hasil Perikanan (THP), S1 Budidaya Perairan (BDP), dan S1 Manajemen Sumberdaya Perikanan (MSP).