Selama lebih dari 50 tahun Universitas ini sudah mengalami enam kali perubahan nama dan tuju kali pergantian pimpinan mulai dari berstatus sebagai cabang FKIP IKP Yogyakarta cabag manano sampai diresmikan menjadi Universitas Negeri Gorontalo oleh presiden Megawati pada tahun 2004.