Universitas Negeri Gorontalo memiliki 10 fakultas, yaitu:

1. Fakultas Ilmu Pendidikan

2. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

3. Fakultas Ilmu Sosial

4. Fakultas Sastra dan Budaya

5. Fakultas Teknik

6. Fakultas Pertanian

7. Fakultas Ilmu Olahraga dan Kesehatan

8. Fakultas Ekonomi

9. Fakultas Hukum

10. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Secara rinci nama pejabat pimpinan sejak tahun 1963 – sampai sekarang sbb :

1. Drs. Idris Djalali - Dekan Koordinator  IKIP Yogyakarta Cab. Manado di Gorontalo - 1963-1966D

2. Drs. Ek. M. J. Neno - Dekan Koordinator IKIP Manado Cab. Gorontalo - 1967-1969P

3. Prof. Drs. H. Thahir A. Musa - Dekan Koordinator    IKIP Manado Cab. Gorontalo - 1969-1981P

4. Prof. Drs. H. Kadir Abdussamad - Dekan FKIP Unsrat Manado di Gorontalo - 1982-1988D

5. Drs. H. Husain Jusuf, M.Pd - Dekan FKIP Unsrat Manado di Gorontalo - 1989-1992P

6. Prof. Dr. H. Nani Tuloli

• Dekan  FKIP Unsrat Manado di Gorontalo - 1992-1993

• Ketua STKIP Negeri Gorontalo - 1993 - 2001
• Pj. Rektor IKIIP Negeri Gorontalo - 2001 - 2002

7. Prof. Dr. Ir. H. Nelson Pomalingo, M.Pd  

• Rektor IKIP Negeri Gorontalo - 2002-2004
• Rektor Universitas Negeri Gorontalo  - 2004-2010

8. Dr. H. Syamsu Qamar Badu, M.Pd - Rektor Universitas Negeri Gorontalo - 2010 - 2019

9. Dr. H. Eduart Wolok, ST, MT - Rektor Universitas Negeri Gorontalo - 2019 - 2023

Universitas Negeri Gorontalo mulai didirikan sejak tanggal 1 September 1963 dengan nama awal Junior College yang menjadi bagian dari FKIP UNSULTENG. Selanjutnya di tahun 1964 mengalami perubahan status menjadi FKIP IKIP Yogyakarta cabang Manado, yang kemudian bergabung dengan IKIP Manado Cabang Gorontalo pada tahun 1965. Tidak berhenti di situ, pada tahun 1982 lembaga tersebut menjadi Fakultas di Universitas Sam Ratulangi dengan nama Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) UNSRAT Manado di Gorontalo.

Lembaga ini kemudian akhirnya secara resmi berdiri sendiri melalui Keputusan Presiden RI No. 9 tahun 1993 dengan nama Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Gorontalo. Selanjutnya, STKIP Gorontalo mengalami peningkatan status menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Negeri Gorontalo pada tanggal 5 Februari 2001, sebelum akhirnya diresmikan menjadi Universitas Negeri Gorontalo oleh Presiden Megawati di tanggal 23 Juni 2004.