Universitas Negeri Gorontalo mulai didirikan sejak tanggal 1 September 1963 dengan nama awal Junior College yang menjadi bagian dari FKIP UNSULTENG. Selanjutnya di tahun 1964 mengalami perubahan status menjadi FKIP IKIP Yogyakarta cabang Manado, yang kemudian bergabung dengan IKIP Manado Cabang Gorontalo pada tahun 1965. Tidak berhenti di situ, pada tahun 1982 lembaga tersebut menjadi Fakultas di Universitas Sam Ratulangi dengan nama Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) UNSRAT Manado di Gorontalo.

Lembaga ini kemudian akhirnya secara resmi berdiri sendiri melalui Keputusan Presiden RI No. 9 tahun 1993 dengan nama Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Gorontalo. Selanjutnya, STKIP Gorontalo mengalami peningkatan status menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Negeri Gorontalo pada tanggal 5 Februari 2001, sebelum akhirnya diresmikan menjadi Universitas Negeri Gorontalo oleh Presiden Megawati di tanggal 23 Juni 2004.

1. Program S2 Pendidikan Bahasa Inggris (Akreditasi B)
2. Program S2 Pendidikan Kependudukan dan Lingkungan Hidup (Akreditasi B)
3. Program S2 Pendidikan Matematika (Akreditasi B)
4. Program S2 Pendidikan Dasar (Akreditasi B)
5. Program S2 Pendidikan Biologi (Akreditasi B)
6. Program S2 Pendidikan Fisika (Akreditasi B)
7. Program S2 Administrasi Pendidikan (Akreditasi B)
8. Program S2 Agribisnis
9. Program S2 Ilmu Kelautan dan Perikanan
10. Program S2 Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan
11. Program S2 Teknologi Pendidikan
12. Program S2 Pendidikan Ekonomi
13. Program S2 Ilmu Administrasi
14. Program S2 Ilmu Hukum
15. Program S2 Pendidikan Luar Sekolah
16. Program S2 Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia
17. Program S3 Ilmu Administrasi
18. Program S3 Ilmu Pendidikan
19. Program S3 Pendidikan Bahasa
20. Program S3 Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam

 Secara rinci nama pejabat pimpinan sejak tahun 1963 – sampai sekarang sbb :

1. Drs. Idris Djalali - Dekan Koordinator  IKIP Yogyakarta Cab. Manado di Gorontalo - 1963-1966
2. Drs. Ek. M. J. Neno - Dekan Koordinator IKIP Manado Cab. Gorontalo - 1967-1969
3. Prof. Drs. H. Thahir A. Musa - Dekan Koordinator    IKIP Manado Cab. Gorontalo - 1969-1981
4. Prof. Drs. H. Kadir Abdussamad - Dekan FKIP Unsrat Manado di Gorontalo - 1982-1988
5. Drs. H. Husain Jusuf, M.Pd - Dekan FKIP Unsrat Manado di Gorontalo - 1989-1992
6. Prof. Dr. H. Nani Tuloli
   • Dekan  FKIP Unsrat Manado di Gorontalo - 1992-1993
   • Ketua STKIP Negeri Gorontalo - 1993 - 2001
   • Pj. Rektor IKIIP Negeri Gorontalo - 2001 - 2002
7. Prof. Dr. Ir. H. Nelson Pomalingo, M.Pd  
   • Rektor IKIP Negeri Gorontalo - 2002-2004
   • Rektor Universitas Negeri Gorontalo  - 2004-2010
8. Dr. H. Syamsu Qamar Badu, M.Pd - Rektor Universitas Negeri Gorontalo - 2010 - 2019
9. Dr. H. Eduart Wolok, ST, MT - Rektor Universitas Negeri Gorontalo - 2019 - 2023