Universitas Negeri Gorontalo memiliki 10 fakultas, yaitu:

1. Fakultas Ilmu Pendidikan

2. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

3. Fakultas Ilmu Sosial

4. Fakultas Sastra dan Budaya

5. Fakultas Teknik

6. Fakultas Pertanian

7. Fakultas Ilmu Olahraga dan Kesehatan

8. Fakultas Ekonomi

9. Fakultas Hukum

10. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Program Pasca Sarjana Universitas Negeri Gorontalo sebagai berikut : 

1. Program S2 Pendidikan Bahasa Inggris (Akreditasi B)

2. Program S2 Pendidikan Kependudukan dan Lingkungan Hidup (Akreditasi B)

3. Program S2 Pendidikan Matematika (Akreditasi B)

4. Program S2 Pendidikan Dasar (Akreditasi B)

5. Program S2 Pendidikan Biologi (Akreditasi B)

6. Program S2 Pendidikan Fisika (Akreditasi B)

7. Program S2 Administrasi Pendidikan (Akreditasi B)

8. Program S2 Agribisnis (Akreditasi B)

9. Program S2 Ilmu Kelautan dan Perikanan (Akreditasi B)

10. Program S2 Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan (Akreditasi B)

11. Program S2 Teknologi Pendidikan (Akreditasi B)

12. Program S2 Pendidikan Ekonomi (Akreditasi B)

13. Program S2 Ilmu Administrasi (Akreditasi B)

14. Program S2 Ilmu Hukum (Akreditasi B)

15. Program S2 Pendidikan Luar Sekolah (Akreditasi B)

16. Program S2 Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia (Akreditasi B)

17. Program S3 Ilmu Administrasi

18. Program S3 Ilmu Pendidikan

19. Program S3 Pendidikan Bahasa

20. Program S3 Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam

Nama pejabat pimpinan sejak tahun 1963 – sampai sekarang adalah sebagai berikut :

1. Drs. Idris Djalali - Dekan Koordinator  IKIP Yogyakarta Cab. Manado di Gorontalo - 1963-19662.

2. Drs. Ek. M. J. Neno - Dekan Koordinator IKIP Manado Cab. Gorontalo - 1967-1969

3. Prof. Drs. H. Thahir A. Musa - Dekan Koordinator    IKIP Manado Cab. Gorontalo - 1969-1981

4. Prof. Drs. H. Kadir Abdussamad - Dekan FKIP Unsrat Manado di Gorontalo - 1982-1988

5. Drs. H. Husain Jusuf, M.Pd- Dekan FKIP Unsrat Manado di Gorontalo - 1989-1992

6. Prof. Dr. H. Nani Tuloli

~ Dekan FKIP Unsrat Manado di Gorontalo - 1992-1993

~ Ketua STKIP Negeri Gorontalo - 1993 - 2001

~ Pj. Rektor IKIIP Negeri Gorontalo - 2001 - 2002

7. Prof. Dr. Ir. H. Nelson Pomalingo,M.Pd

~ Rektor IKIP Negeri Gorontalo - 2002-2004

~ Rektor Universitas Negeri Gorontalo  - 2004-2010

8. Dr. H. Syamsu Qamar Badu, M.Pd - Rektor Universitas Negeri Gorontalo - 2010 - 2019

9. Dr. H. Eduart Wolok, ST, MT - Rektor Universitas Negeri Gorontalo - 2019 - 2023