Gerakan organik dimulai pada tahun 1930-an dan 1940-an sebagai reaksi terhadap pertumbuhan pertanian ketergantungan pada pupuk sintetis. Pupuk buatan telah diciptakan pada abad 18, awalnya dengan Super fosfat dan kemudian diturunkan pupuk amonia yang diproduksi secara massal dengan menggunakan proses Haber-Bosch yang dikembangkan selama Perang Dunia I. pupuk awal ini adalah murah, kuat, dan mudah untuk transportasi dalam massal. Kemajuan serupa terjadi di pestisida kimia pada tahun 1940-an, yang membawa pada dekade yang disebut sebagai ‘era pestisida’.

Sir Albert Howard secara luas dianggap sebagai ayah dari pertanian organik.  Pekerjaan lebih lanjut dilakukan oleh JI Rodale di Amerika Serikat, Lady Eve Balfour di Inggris Raya, dan banyak orang lain di seluruh dunia.

Sebagai persentase dari total hasil pertanian, pertanian organik tetap kecil sejak awal. Sebagai kesadaran lingkungan dan meningkatkan kepedulian di antara populasi umum, pasokan yang awalnya menjadi gerakan yang digerakkan oleh permintaan-driven. Harga premium dari konsumen dan dalam beberapa kasus, subsidi pemerintah menarik banyak petani ke konversi. Di negara berkembang, banyak petani pertanian menurut metode tradisional yang dapat dibandingkan dengan pertanian organik tetapi tidak bersertifikat. Dalam kasus lain, petani di negara berkembang telah dikonversi untuk alasan ekonomi. Sebagai proporsi dari total global output pertanian, organik output tetap kecil, tetapi telah tumbuh dengan pesat di banyak negara, terutama di Eropa.