Fakultas Pertanian Universitas Negeri Gorontalo mulai dirintis tahun 1994 dengan berdirinya Balai Pelatihan Agrokompleks pada jaman STKIP Gorontalo (Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan). Balai Pelatihan Agrokompleks ini bertujuan untuk membantu Pemerintah Daerah Gorontalo dalam membangun pertanian, perikanan dan peternakan yang diselaraskan dengan pembangunan dunia pendidikan yang menjadi visi dan misi STKIP Gorontalo. Seiring berjalannya waktu STKIP Gorontalo berubah status menjadi IKIP Negeri Gorontalo dan pada masa ini IKIP Negeri Gorontalo diberi suatu Mandat untuk dapat membuka Program Pendidikan Diploma-3 non LPTK melalui Surat Keputusan Dirjen DIKTI Nomor 280/DIKTI/KEP/2000 tentang pendirian pendidikan program diploma 3 non keguruan termasuk didalamnya program diploma-3 pertanian.

  Pada masa IKIP Negeri Gorontalo cikal bakal Fakultas Pertanian ini mengalami perubahan sebanyak 3 kali, yaitu:1. Tahun 2001 menjadi salah satu program studi di Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA dengan konsentrasi D3 budidaya tanaman pangan, D3 peternakan, dan D3 perikanan.2. Tahun 2002 - 2003 menjadi suatu Jurusan pada Fakultas Pendidikan MIPA IKIP Negeri Gorontalo dengan 3 Program Studi, yaitu; Program studi D3 Pertanian, Program studi D3 Peternakan, Program studi D3 Perikanan, dan Program studi D3 Teknologi Pengolahan Hasil Perkebunan.3. Pada Tahun 2004 masuk Era Universitas Negeri Gorontalo (UNG) terbentuklah Fakultas Pertanian UNG melalui SK Mendikbud No. 82/MPN/KL/2004 dengan 3 Program Studi, yaitu; Program studi D3 Teknologi Pertanian, Program Studi D3 Peternakan, dan Program studi D3 Perikanan.

  Sejak tahun 2004 Fakultas Pertanian sudah mulai berkembang dengan dibentuknya Program Studi Strata satu (S1) pada Tahun Akademik 2007-2008 terbentuklah Program Studi S1 Agroteknologi, Program Studi S1 Agribisnis, Program Studi S1 Peternakan, Program Studi S1 Budidaya Perikanan, dan Program Studi Teknologi Hasil Perikanan. Pada Tahun 2014 Program Studi yang ada pada Bidang Ilmu Perikan menjadi suatu Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Seiring terbentuknya Fakultas Perikanan dan Ilmu Keluatan, maka di Fakultas Pertanian pada tahun 2014 terbentuk Program Studi S1 Ilmu Teknologi Pangan (ITP). Sehingga sampai dengan sekarang Fakultas Pertanian Universitas Negeri Gorontalo memiliki 4 Program Studi, yaitu; Program Studi S1 Agroteknologi, Program Studi S1 Agribisnis, Program Studi S1 Peternakan, dan Program Studi S1 Ilmu Teknologi Pangan.