Universitas Gorontalo awalnya adalah Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Gorontalo, perguruan tinggi yang berada dibawah badan hukum Yayasan Pendidikan Duluwo Limo Lopohalaa Gorontalo. Pendirian Yayasan dan STIE Gorontalo diprakarsai oleh Kol. Purn. H. Marten Liputo, SH (Bupati Gorontalo). STIE Gorontalo berdiri  dengan SK Kopertis Wilayah IX Nomor : 777 Tahun 1986 Tanggal 8 Oktober 1986, menyelenggarakan 2 Jurusan yakni Jurusan Manajemen dan Jurusan Studi Pembangunan. Jurusan Manajemen STIE Gorontalo memperoleh status Terdaftar pada tanggal 7 Januari 1988 Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan  Nomor : 021/0/1988. Jurusan Manajemen kemudian memperoleh status Diakui pada tanggal 14 Agustus 1998 berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 302/Dikti/Kep/1998. Sedangkan Jurusan Studi Pembangunan berstatus sebagai terdaftar.

     Pada akhir tahun 2000 Rencana Alih Status STIE menjadi Universitas Gorontalo telah dimulai dengan membentuk tim penyusun proposal Alih Status yang di koordinir oleh Bambang Supriyanto dan beranggotakan antara lain; Hamzah Uno, Herman Paneo, Abdul Haris PanaI, Abdu Jabar Mohidin, dibantu oleh Haryono Imran. Pembentuk tim ini di prakarsai oleh Ahmad Hoesa Pakaya, SE, MBA (Bupati Gorontalo), Drs. H. Habu Wahiji (Ketua STIE Gorontalo), Rustam Akilie SE (Ketua BPH Yayasan Pendidikan Duluwo Limo Lopohalaa Gorontalo). Penyusunan Proposal Alih Status selesai dalam jangka pada akhir tahun itu pula yang kemudian di tindak lanjuti dengan pengusulannya ke Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi di Jakarta. Mengingat perjuangan alih status sangat sulit ditempuh, maka dibentuklah tim yang bekerja untuk mempersiapkan segala sesuatu yang dibutuhkan dalam proses tersebut. Sehingga secara spontan, terdapat dua tim yang dikoordinir langsung oleh Rustam Akilie, SE sebagai Ketua BPH kala itu, yakni tim Gorontalo yang berkedudukan di STIE Gorontalo dan Tim Jakarta yang berkedudukan di Rawamangun Jakarta Timur. Kedua tempat tersebut merupakan sekretariat basis peralihan status. Tim di Gorontalo terdiri dari; Jamal Moodoeto, Supardi Nani, SE, Iyan Ayuba, Drs. Ec. Ilyas Lamuda, Moh. Rolli Paramata, SE. Sedangkan tim Jakarta terdiri dari, Bambang Supriyanto, Hamzah Uno, Herman Paneo, Haris PanaI, Razak Umar, Kartono Lasieng (alm).

     Pada akhirnya, setelah melalui perjuangan panjang, usulan alih status STIE Gorontalo menjadi Universitas Gorontalo baru mendapatkan titik terang pada pertentang tahun 2001. Tepat tanggal 10 Juli 2001 STIE Gorontalo resmi beralih status menjadi Universitas Gorontalo sebagaimana hal itu tertuang dalam ijin operasional Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor : 80/D/0/2001. Untuk menyelenggarakan Universitas Gorontalo yang baru dilahirkan, maka ditunjuklah Rektor pertama Universitas Gorontalo, yakni Prof. Dr. H. Jasin Tuloli, MPd.